현재 병원에서 흔히 시행하는 소화기질환 검사방법으로 그 기질적 질환이 증명되지 않으나 환자가 위장관 기능장애의 증상을 지속적으로 호소하는 경우를 총망라하여 기능성 위장장애라 일컫는다. 즉 기질적 질환에서도 기능장애가 동반되는 것은 당연하지만 기능성 질환이라 함은 기질적 질환이 없으면서도 기능장애를 일으키는 경우만을 칭한다. 환자가 호소하는 증상에 따라서 상부위장관 기능장애와 하부위장관 기능장애로 분류하며 이를 각각 비궤양성 소화불량(nonulcer dyspepsia)과 과민성 대장증후군(irritable bowel syndrome)이라고 한다. 위장관이 담당하고 있는 기능은 여러 가지가 있으나 소화기관으로서의 주요 기능은 운동기능, 분비기능 및 흡수기능을 들 수 있으며 기능성 위장장애는 이 중 특히 운동기능의 장애에 기인한다.

상부위장관 기능장애의 주요 증상은 공복시 속쓰림, 소화불량, 포만감, 상복부 불편감, 구역, 구토 등 다양하게 나타나며 오랜 기간동안 증상이 심해졌다가 호전되는 등의 과정을 반복하는 것이 특징이다. 병원에 내원하면 우선 내시경 검사를 추천하는 경우가 많으며 대부분은 정상소견이거나 가벼운 위염이 있다고 듣게 된다. 위장은 외부에서 맵거나 짠음식, 뜨거운 음식, 술이나 자극적인 음식에 끊임없이 노출되는 장기이므로 누구에게나 가벼운 염증은 있을 수 있으므로 내시경에서 가벼운 염증이라고만 들으면 대부분의 경우 크게 걱정할 필요는 없다. 내시경에서 큰 이상이 없는 경우에는 증상에 따라 몇가지 검사를 더 할 수도 있다.

검사에서 특이한 기질적 질환이 발견되지 않으면 생활습관의 변화와 함께 약물치료를 하게 된다. 특히 술이나 담배는 금해야 하며 적당한 운동을 하고 정상적인 체중을 유지토록 한다. 상식적인 수준에서 자극적인 음식을 피하도록 하고 식이 섬유가 많은 음식을 줄이는 것이 좋다. 증상이 심할 때에는 단단한 음식보다는 유동식이 도움이 된다. 약물 치료는 위장관 운동성을 조절하는 약제가 도움이 되고 시중에서 흔히 이용되는 소화효소제가 기능성 위장장애의 증상개선에 도움이 된다는 증거는 많지 않다. 스스로 증상에 따라서 약제를 바꿔가는 경우가 많으나 이는 반드시 피해야 하고 믿을 만한 의사의 처방에 따르는 것이 좋다. 최초에 여러 가지 검사를 하여 이상이 없었다고 하더라도 수년 이상 증상이 계속되거나 증상의 변화가 있으면 다시 검사를 하는 것이 안전하다.

하부위장관 기능장애는 가장 흔한 소화기 질환으로 전 소화기 환자의 70%를 차지하고 전체 인구의 20% 정도가 이에 속한다고 한다. 주요증상은 배변장애, 복통, 복부팽만감, 대변내 점액 등이 있으며 두통, 월경불순, 배뇨장애, 심계항진, 불안, 초조, 우울과 같은 비소화기계 증상을 동반하는 수도 있다. 배변장애는 설사형, 변비형 및 설사와 변비가 교대로 나타나는 형의 3가지로 분류된다. 대부분의 증상이 정신적인 스트레스를 받을때 심해지는 것이 특징이다. 증상만으로도 기능성 위장장애를 의심할 수 있지만 혹시 숨어 있을지도 모르는 중대한 질환을 배제하기 위하여 대장조영술, 직장경검사. 복부초음파 등의 검사를 하는 것이 안전하다.

치료는 정신요법, 식이요법, 약물요법으로 나누어 진다. 정신적인 안정, 스트레스 및 불안의 해소, 가벼운 운동 및 취미생활 등이 증상 완화에 도움이 되고 경우에 따라서는 진정제, 신경안정제, 항우울제등이 필요하다. 자극적인 음식을 피하고 고지방식품, 담배, 커피, 콩 등을 제한한다. 설사가 주증상인 경우에는 유제품을 소화하지 못하는 유당불내성이 동반되는 경우가 많으므로 우유 및 유제품을 제한하는 것이 좋다. 변비가 주증상인 경우에는 고섬유질 음식이 도움이 된다. 약물 요법에는 위장관 근육의 수축을 조절하는 항경련제, 변비완하제, 지사제, 장운동개선제 등이 있으며 증상에 따라 의사의 처방을 받고 사용하는 것이 좋다. 이 경우에도 최초에 여러 가지 검사를 하여 이상이 없었다고 하더라도 수년 이상 증상이 계속되거나 증상의 변화가 있으면 다시 검사를 하는 것이 안전하다.